Yo suelo utilizar log4j para todas mis aplicaciones. Cuando empece es lo que aprendí, me funciona bien y por ahora no veo porque cambiar.
A lo largo del tiempo he visto que como es normal se quiere sacar la traza y almacenar en un tipo de fichero, pero no se sabe muy bien donde ubicarlo.
Si usamos Tomcat lo más sencillo es añadirlo a la carpeta donde el propio Tomcat coloca los suyos. Y además el propio Tomcat nos provee de una variable para poder indicar esta ruta del log sin necesidad de indicar la ruta absoluta de donde se encuentra el Tomcat
Para Tomcat 5.5 sería algo así (documentación oficial):
log4j.appender.myAppender.File=${catalina.home}/logs/myLog.log
Para Tomcat 6.0 en adelante sería (documentación oficial):
log4j.appender.myAppender.File=${catalina.base}/logs/myLog.log
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