El caso es que cambiando un proyecto, añadiendo nuevas librerías al mismo, me doy cuenta que el eclipse no actualiza correctamente este mismo proyecto en el work directory del tomcat. Esto es algo básico y automático y en principio no tiene porque fallar.
En un primer momento me ha dado por cambiar donde se despliega el proyecto, pasando de ser en el plugin del tomcat del propio eclipse a indicarle que es en la carpeta webapps de tomcat. (En un primer momento estaban deshabilitado las opciones de 'server location', para desbloquearlas tuve que ir a las propiedades del servidor tomcat, y en general pulsar sobre 'switch location'). Así tampoco me desplegaba bien el proyecto.
Así se me ocurrió, quitar el proyecto de las aplicaciones que despliega el servidor indicado en eclipse (que como he dicho es tomcat), e indicar en el maven que lo empaquetase el y lo pusiese en la carpeta de despliegue. Eso se puede hacer configurando el plugin de package en el pom.xml.
org.apache.maven.plugins maven-war-plugin 2.1.1 /opt/apache-tomcat-6.0.32/webapps/almacen/
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